中国水利水电科学研究院水环境研究所，同时作为水利部水环境监测评价研究中心和院电力环境影响评价与研究中心， 主要承担全国和区域水环境研究，为国家宏观决策提供科学依据。重点研究全国和区域水环境状况及发展趋势； 制订、修订水利系统水环境监测标准；国家级水环境监测参考物质的系列化和标准化研制；全国水环境信息管理系统开发与应用；水环境承载力、水环境安全度、生态风险、环境经济学、水环境价值等的理论和定量化评价方法；河道生态景观学；水污染控制与管理的理论和战略研究；水利和电力工程环境影响评价与研究；地表水和地下水的水动力学、污染物在水体中的迁移转化规律及数值模拟技术研究；新型、实用的水环境修复、保护技术研究，包括湿地的综合利用和保护、污水资源化、乡镇人畜饮水卫生工程技术、水土保持技术等；水量、水质一体化监测技术研究。负责定期编发《全国水环境状况通报》、《水资源质量年报》、《水源地质量旬报》及水利系统水环境实验室质量控制等日常工作。